成果转化

吴爱平课题组开发出疾病组织的免疫细胞组分数据库ImmuCellDB

 

2021812日,中国医学科学院系统医学研究院/苏州系统医学研究所(简称系统所)吴爱平课题组一项研究成果ImmuCellDB: An Indicative Database of Immune Cell Composition From Different Tissues and Disease Conditions in Mouse and Human.Frontiers in immunology在线发表,发布了为人和小鼠不同疾病条件下的组织内免疫细胞组成信息提供查询、比较和分析功能的数据库ImmuCellDB(http://wap-lab.org:3200/ImmuCellDB/)

组织内浸润的免疫细胞往往在各种生理或病理状态中发挥着非常关键的功能。因此,对不同组织类型和疾病条件下的免疫细胞组分与基因表达进行定量监测和比较分析,将有助于了解不同条件下的组织应答方式。本研究中,研究人员从公共数据库中收集了人和小鼠不同组织样本的转录组数据,共覆盖266种组织类型和706种疾病类型的人类样本,以及143种组织类型、61种疾病类型和206种基因型的小鼠样本。然后,利用基于转录组数据的人和小鼠组织免疫细胞定量方法,基于表达谱数据计算获得了不同组织和疾病条件下的免疫细胞组成信息。最后,研究人员围绕“疾病类型-组织类型-免疫细胞组成-基因表达信号”整合成ImmuCellDB数据库。

针对用户需求,ImmuCellDB提供了大量疾病组织中免疫细胞组成和基因表达信息的查询、比较和分析功能。首先,利用其中的查询模块,通过选择感兴趣的组织和疾病类型进行检索,可以直接获得组织中不同免疫细胞的组成比例,以及各种免疫细胞类型在不同条件之间组成比例的差异。其次,在分析模块中分别设计了四种不同的分析工具,可以对不同组织和疾病条件的组织样本特征之间进行比较和关联分析,包括免疫细胞组成、基因表达差异、免疫细胞与基因表达相关性等。

1ImmuCellDB数据库中主要分析模块的功能简介

该研究由系统所吴爱平课题组陈秭宜博士、韩娜和吴爱平研究员共同完成,陈秭宜博士为第一作者,吴爱平研究员为通讯作者。本项研究得到了国家重点研发计划、中国医学科学院医学与健康科技创新工程、国家自然科学基金等项目等多项基金的大力资助。

 

文章链接:https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fimmu.2021.670070/full?&utm_source=Email_to_authors_&utm_medium=Email&utm_content=T1_11.5e1_author&utm_campaign=Email_publication&field=&journalName=Frontiers_in_Immunology&id=670070